ランエボさん、こんばんは♪
新車はどーですか(^_^)

> 某カー用品店に勤めている友達いわく、ナビにつながっている電源を分岐せず、
> バッテリーから直接取ったほうがよいとのことでした。
>
> やはり、バッテリーから直接取ったほうがよいのでしょうか？

ウーハの電源はバッテリより直に取られる事をお勧めします。
電源容量を考えるとウーハの電源をナビやカーステの常時電源から取るのはやめた方がいいです。

> また、ナビの常時電源から分岐した場合、何か不都合なことは起こるのでしょうか？

同じ電源から取った場合に、もしヒューズが切れてしまうとナビが使えなくなります。

ちなみに自分はこんな感じで車内に電源を引き込んでいます。
赤がオーディオ用、黄色は光り物用です(自爆)