だいさん、お初です！
ＩＢではみちひろサンの子分をしておりますＴＵＴＹ！です。
宜しくお願いします。

> なぜかと申しますと前車（コモンレール直噴式のエンジンのディーゼル四駆に２年７ヶ月乗っておりました）の時に、取扱説明書に「エンジンフラッシングは行わないでください！」と明記してあり、「直噴のエンジンのクルマには駄目なんだな〜」とずっと思っておりました。この度のクルマ（２リッターエンジンの方なのですが）も直噴式なので駄目なのかな〜と思ってしまい、、、。

コモンレールはガソリンエンジンには使われてないシステムだから大丈夫な気がします。
私はエレメント交換の度にフラッシングしてますよ...(自爆？)

コモンレールはウィッシュの直噴よりも何十倍もの高圧で燃料を噴射する上、インジェクションも電子制御で電磁弁の開閉するデリケートな構造だからメーカーも余計な事はして欲しく無いんでしょうね。
気になるならディーラーで確認するのが良いと思います。