mayumikaさん、コンバンハでっす！
横レス失礼します。

> 雨降りや湿気時の対策を考えたりします？？

よっぽどのドシャ降りでも無い限り影響は少ないと思います。
雨の時には走ってる限りボンネットの脇やグリルからよりも深い水溜りで下から跳ね上げる方が直でエアクリに大量の水がかかる可能性があります。
念の為にパイピングの曲げや隔壁等で直に雨がエアクリにかからない様な工夫をするのがベターだと思います。

> これ以上エンジンに負担を掛けるんだったら、一掃の事インタークーラー着けたらなんて言われましたよ。。。

メーカーが予測する範囲内の負担（キノコはど〜でしょう^^；）であればＥＣＵで燃調マップやバルブタイミングの補正が入りますし、いくらエアクリがむき出しでエンジンルームの熱を吸ってしまうと言っても、ターボの様に排気熱が伝達されたり過給器で圧縮されて高密度で膨張した空気の比ではないのでＩ／Ｃは必要無いと思いますよ。
少なくとも余計なモノが間に入ってレスポンスが悪くなるのは必至です！
エンジンの発熱によるトラブルが心配でしたらラジエーターの容量を大きくするとか、走行風を効率良く当てる為の工夫が必要です。。。あとは冷却水に特殊素材を使用した物の出てます。

> エンジンの水抜きとか豆にしなくちゃいけないのかなぁ〜〜？？

エンジンルームに入ってしまった水の事でしょうか？
大概は燃えて蒸発して排気されますよ。。。仮に蒸発しない程入ってしまう料だったら・・・諦めましょう...^^；
私は大雨のダートラでエンストしました（自爆）
エンジンの水抜きする程だとオーバーホールしか道は無いと思いますよ...マメには出来ないですよ〜